مبارزه مرجعيت شيعه با بهائيت
روحانيت و مرجعيت شيعه در طول تاريخ به مسائل و حوادث، اشخاص، فرقه‌ها، احزاب، و ملل و نحل مختلف با نگاهي ديني و موضعي از جايگاه مذهب نگريسته است. نگاه مرجعيت شيعه بعد از شهريور 1320 به بهائيت نيز يك نگاه دين‌مدارانه بود. علما از آن جهت مخالف بهائيان بودند كه آنها را يك گروه بدعت‌گذار و دين‌ساز مي‌دانستند كه مكتب آنها بر هيچ بنياد ديني و كتاب آسماني بنيان نيافته بود. افزون بر آن، به دليل وابستگي آنها به بيگانگان و قدرتمند شدن تدريجي آنها در ايران، بيم آن مي‌رفت كه بر مؤمنان سلطه يابند؛ لذا روحانيت در همه حال با بابيت و بهائيت مخالف بود، ولي به دليل فعاليت زياد بهائيت بعد از دهه‌ي 1320، مخالفت روحانيت نيز مضاعف گرديد.
بهائي‌ها در سرتاسر كشور، ساختمان‌هايي را به نام «محفل» تأسيس كرده بودند و عده‌اي از مردم ساده‌لوح را دور خود جمع كرده و به اصطلاح آنها را بهائي كرده بودند. بهائيان گستاخي را به جايي رساندند كه در ابرقو يك خانواده‌ي هفت نفره‌ي مسلمان را قتل عام كردند و در بعضي از شهر‌ها به حمام زنانه‌ي مسلمانان حمله مي‌كردند. رفتار گستاخانه‌ي بهائيان، تبليغ و ترويج بهائيت بين مسلمانان، نفوذ و گسترش آنها بين سازمان‌هاي دولتي، موجي از حساسيت و مخالفت را بين مردم ايران برانگيخت و مردم با ارسال «طومار‌هاي مفصل و بسيار» از شهر‌هاي مختلف به آيت‌الله بروجردي پناه آوردند. به هر حال فشار‌هاي روزافزون مردمي باعث شد تا آيت‌الله بروجردي دست به اقدام شود. ابتدا روحانيون را براي خنثي‌سازي تبليغات بهائي‌ها به محل فعاليت‌هاي تبليغاتي آنها مي‌فرستادند و همزمان براي جلوگيري از اقدامات خشونت‌آميز بهائيان، طبق روش سياسي خود به دولت‌هاي وقت متوسل مي‌شدند. تذكر آيت‌الله بروجردي به رزم‌آرا اثر نكرد. پس از نخست‌وزيري مصدق، آيت‌الله به آقاي فلسفي مأموريت دادند تا با مصدق درباره‌ي فعاليت بهائيان صحبت كند. آقاي فلسفي نزد مصدق رفت و پيام آيت‌الله را ابلاغ كرد و گفت: «شما رئيس دولت اسلامي ايران هستيد و الان بهائي‌ها در شهرستان‌ها فعال هستند و مشكلاتي را براي مردم مسلمان ايجاد كرده‌اند، لذا مرتباً نامه‌هايي از آنان به عنوان شكايت به آيت‌الله بروجردي مي‌رسد. ايشان لازم دانستند كه شما در اين باره اقدامي بفرماييد». دكتر مصدق «به گونه‌اي تمسخر‌آميز، قاه‌قاه و با صداي بلند خنديد و گفت: آقاي فلسفي از نظر من مسلمان و بهائي فرقي ندارند، همه از يك ملت و ايراني هستند».
نظر آيت‌الله بروجردي همچنان مورد بي‌اعتنايي دولت‌ها قرار مي‌گرفت تا اينكه همچنان اخبار نگران‌كننده‌اي به آيت‌الله رسيد. وي بعد از رمضان سال 1333، نامه‌اي به آقاي فلسفي نوشت تا شاه را ملاقات و با وي مذاكره نمايد. آقاي فلسفي با شاه ملاقات كرد و نظر آيت‌الله بروجردي را به شاه اطلاع داد. شاه در پاسخ گفت: «برويد بگوييد». آقاي فلسفي موضوع را به وعاظ تهران نيز ابلاغ كرد كه در ماه رمضان همه‌ي مساجد عليه بهائيان دست به تبليغ بزنند. آقاي فلسفي و ساير وعاظ در اين سخنراني‌ها مردم را دعوت به آرامش كرده و مي‌گفتند: «اظهار اين مطالب براي هوشياري دولت است و از طريق قانوني و رسمي براي بستن مراكز بهائي‌ها و جلوگيري از فعاليت‌هاي آنان اقدام خواهد شد». همچنين، حضرت آيت‌الله بروجردي طي مصاحبه‌اي در قم اظهار داشتند كه «بايد در جريان مبارزه عليه فرقه‌ي ضاله‌ي بهائي نظم و آرامش در سراسر كشور برقرار باشد». با همه‌ي اين سفارش‌ها، مردم كه از جسارت‌ها و خصومت‌هاي بهائي‌ها به تنگ آمده بودند، فرصت را مغتنم شمردند و بسياري از محافل بهائيان را در شهر‌ها تخريب كردند و در تهران نيز مركز بهائيان را به نام حظيرة‌القدس تصرف كردند.