نوشته‌های برجای مانده
۱ـ محاضرات فی الفقه الامامیه: مرحوم میلانی در این مجموعه ۱۰جلدی فروعات فقهی اعم از عبادات و معاملات را مورد بررسی قرار داده است و نظرات عالمانه و مستدلانه خود را بیان کرده است.
۲ـ قادتنا کیف نعرفهم: او که به ائمه اطهار(ع) عشق میورزید و نسبت به حضرت ولی عصر(عج) نیز ارادت ویژهای داشت، به همین منظور کتاب «قادتنا کیف نعرفهم» را به رشته تحریر درآورد تا خوانندگان را با حقیقت وجودی عترت طاهره و ولایت این بزرگواران بر تمامی هستی، آشنا سازد. این کتاب در هفت جلد نوشته شده که بیش از سه جلد آن در بیان زندگی و مناقب امیرالمومنان علی(ع) است و انتهای جلد چهارم در توصیف مقام والای فاطمه زهرا(س) و سه جلد باقیمانده درباره نسب و ذکر فضایل فرزندان این دو معصوم است.
۳-تفسیر سوره تغابن و جمعه: آیت الله میلانی در کربلا معارف قرآنی، تفسیر سورههای تغابن و جمعه را تدریس و تشریح کرده بود که این مجموعه درسی در کتابی به همین نام به چاپ رسیده است.
۴ـ توضیح المسائل: این مرجع عالیقدر در سال ۱۳۸۸ هجری قمری، رساله عملیه خود را با بیش از دو هزار و هشتصد مساله فقهی در تهران به چاپ رسانده است.
۵ـ دیدگاههای علمی: این کتاب شامل صدها استفتاء و پاسخ آنها در مسائل فقهی، عرفانی، اخلاقی، فلسفی، کلامی، تاریخی، رجالی، قرآنی، حدیثی و... است که توسط آقای غلامرضا جلالی در بنیاد پژوهش‌های اسلامی آستان قدس رضوی به چاپ رسیده است.
از دیگر کتاب‌های ایشان، می‌توان به موارد زیر اشاره کرد: حاشیه بر مکاسب (چهار جلد)، قواعد فقهیه و اصولیه، مختصر الاحکام، حاشیه بر وسیله النجاه، یکصد و ده پرسش (در زمینه ائمه اطهار)، تعلیقات بر عروه‌الوثقی، تعلیقات بر الهدی الی دین المصطفی، مناسک حج، رساله فی‌التامین و الیانصیب (در باب بیمه و بلیت‌‌های بختآزمایی)، رساله فی المزارعه و المساقاه، رساله فی منجزات المریض، رساله فی الاجاره، رساله فی صلاه الجمعه و رساله فی احکام الجلود.
البته برای آشنایی با زندگی و خصوصیات و مبارزات این مرجع فقید می‌توان به کتاب «علم و جهاد، حیات آیت‌الله العظمی سید محمدهادی حسینی میلانی» اشاره کرد. این کتاب در دو جلد توسط «مرکز آیتاللهالعظمی المیلانی لاحیاء الفکر الشیعی» و انتشارات «لسان الصدق» به زبان عربی در قم به چاپ رسیده است. مولف این مجموعه استاد آیت‌الله سید محمدعلی حسینی میلانی، نوه مرحوم آیتاللهالعظمی سیدمحمدهادی میلانی است که او در ۱۲ فصل به طور کامل به معرفی این عالم بزرگ مشهد پرداخته است. در این کتاب، به برخی از مکاتبات و پیام‌های این مرجع تقلید به برخی سران و انجمن‌های کشورهای خارجی اشاره شده است:
۱ ـ مکاتبه با جانسون، معاون رئیس‌جمهور آمریکا در جهت افشای سیاست‌های استعماری و ضددینی حاکمان ایران،
۲ ـ مکاتبه با انجمن برتراند راسل برای اعلام حمایت آن انجمن از زندانیان سیاسی ایران،
۳ ـ مصاحبه با خبرنگاران خارجی و مجامع بین المللی در افشاگری نسبت به هیات حاکمه ایران،
۴ ـ مکاتبه و ارسال پیام به شیخ محمود شلتوت، رئیس دانشگاه الازهر مصر در خصوص آتش زدن مسجد الاقصی در فلسطین،
۵- مکاتبه، ارسال پیام و همچنین اعطای وجوه نقدی به مرکز اسلامی‌هامبورگ زیر نظر آیت الله دکتر بهشتی،
۶ - ارسال پیام به کنگره انجمن اسلامی دانشجویان اروپا،
۷ ـ ارسال پیام و نماینده جهت شرکت در کنگره بزرگداشت مقام آیت الله نورالله شوشتری در هندوستان و...